Όπως ακριβώς το κατάλαβες.
Δημιουργείς περιβάλλον στo /mnt/gentoo 
και απο εκει και πέρα κάθε partition μέσα σε αυτό.
Άν , όπως καλά έγραψες , έχεις ξεχωριστό partition για το home.Τότε θα δημιουργείς φάκελο και θα το κάνεις mount εκει μέσα.Το ίδιο κάνεις και για τα άλλα partitions.
Περισσότερες πληροφορίες:
Gentoo handbook mounting

2012/9/23 Π. Σκουλουδάκης (P. Skouloudakis) <panos.panos@gmail.com>
Καλημέρα παίδες,
είπα και εγώ να προσπαθήσω να εγκαταστήσω το gentoo....

Λοιπόν, στο arch όλα πήγαιναν στο /mnt,

από ότι κατάλαβα (αν κατάλαβα καλά) εδώ όλα πάνε στο /mnt/gentoo

Δλδ, πρέπει το /home -> mount...... /mnt/gentoo/home ? (αφού έχω
προφανώς mkdir /mnt/gentoo/home..)
Ή κάτι δεν κατάλαβα..

Ευχαριστώ,