O genkernel é interessante principalmente para portar o .config entre
kerneis diferentes. E mexendo na configuração ele roda fino, daí você vai
limpando aos poucos até ficar no "esquema". Ele funciona tipo um eselect,
faz a mesma coisa de forma automatizada se você souber usar. Já fiz das duas
formas, mas quando resolvi reinstalar o gentoo utilizei o genkernel e desde
então só vou enxugando e testando.
Não sei se me equivoco, mas parece que você rodou o env antes de dar chroot.
Só observação.
No fundo o que importa é que resolveu, rsc.