Si possono selettivamente aggiornare certe categorie/pacchetti ed ignorarne altre/i facendo in modo che rsync escluda categorie/pacchetti durante la fase di emerge --sync.

Di default, rsync controlla il contenuto di /etc/portage/rsync_excludes (se esiste) per vedere quali categorie o pacchetti non si vogliono aggiornare con rsync.

Si noti comunque che questo può portare ad avere problemi di dipendenze nuove, aggiornando pacchetti che potrebbero dipendere da pacchetti nuovi ma esclusi.

Il Portage può usare ebuild che non sono disponibili attraverso l'albero ufficiale. Per far questo, si può creare una nuova directory (per esempio /usr/local/portage) entro la quale memorizzare gli ebuild di terze parti usando la stessa struttura delle directory dell'albero del Portage.

Si definisce quindi la variabile PORTDIR_OVERLAY in /etc/make.conf affinché punti alla directory creata precedentemente. Usando Portage dopo queste modifiche, si potranno usare questi nuovi ebuild senza che vengano rimossi o sovrascritti da un nuovo emerge --sync.

Per gli utenti che sviluppano su diversi strati, testano pacchetti prima di porli nell'albero di Portage o vogliono semplicemente usare ebuild non ufficiali di varie sorgenti, il pacchetto app-portage/gentoolkit-dev fornisce gensync, uno strumento che aiuta a mantenere aggiornati gli overlay repository.

Con gensync si possono aggiornate tutti i repository in una volta sola o selezionare solo alcuni di essi. Ogni repository dovrebbe avere un file .syncsource nella directory di configurazione /etc/gensync/ che contiene l'ubicazione del repository, il nome, l'ID, ecc.

Si supponga di avere due repository aggiuntivi chiamati java ( per lo sviluppo di ebuild java) e entapps (per le applicazioni sviluppate per la propria azienda), si potranno aggiornare nel seguente modo:

	
 	 # gensync java entapps	
 	 

In alcuni casi si può voler configurare, installare e manutenere software proprietario senza dover automatizzare il processo del Portage anche se Portage può provvedere il titolo software. Casi conosciuti sono sorgenti del kernel e driver nvidia. Si può configurare Portage in modo tale che sappia che certi pacchetti sono stati installati manualmente nel sistema. Questo processo è chiamato injecting ed è supportato dal Portage attraverso il file /etc/portage/profile/package.provided.

Per esempio, per informare il Portage che vanilla-sources-2.6.11.6 è stato installato manualmente, aggiungere la seguente linea a /etc/portage/profile/package.provided:

vanilla-sources-2.6.11.6