* [gentoo-commits] gentoo-x86 commit in sci-chemistry/gamess/files: gamess-20080411.1.gentoo.patch gamess-20060907.4.gentoo.patch gamess-20070324.1.gentoo.patch
@ 2008-05-08 17:42 Markus Dittrich (markusle)
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From: Markus Dittrich (markusle) @ 2008-05-08 17:42 UTC (permalink / raw
To: gentoo-commits
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[-- Attachment #1: Type: text/plain; charset=utf8, Size: 25058 bytes --]
markusle 08/05/08 17:42:48
Added: gamess-20080411.1.gentoo.patch
Removed: gamess-20060907.4.gentoo.patch
gamess-20070324.1.gentoo.patch
Log:
Version bump (fixes bug #220855).
(Portage version: 2.1.5_rc7)
Revision Changes Path
1.1 sci-chemistry/gamess/files/gamess-20080411.1.gentoo.patch
file : http://sources.gentoo.org/viewcvs.py/gentoo-x86/sci-chemistry/gamess/files/gamess-20080411.1.gentoo.patch?rev=1.1&view=markup
plain: http://sources.gentoo.org/viewcvs.py/gentoo-x86/sci-chemistry/gamess/files/gamess-20080411.1.gentoo.patch?rev=1.1&content-type=text/plain
Index: gamess-20080411.1.gentoo.patch
===================================================================
diff -Naur gamess/comp gamess.new/comp
--- gamess/comp 2008-03-19 19:56:14.000000000 -0400
+++ gamess.new/comp 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -12,8 +12,8 @@
# sgi32,sgi64,sun32,sun64
# 2. Choose your GAMESS directory tree.
#
-set TARGET=ibm64
-chdir /u1/mike/gamess
+set TARGET=gentoo-target
+#chdir /u1/mike/gamess
#
# ---- and now the script begins...
#
@@ -100,9 +100,7 @@
# 1st is Fedora Core's, 2nd is ASCI download from ORNL, 3rd is Atlas
# the names of the latter two files on your system might well be
# different from these, edit here and in 'lked' to match your paths.
-if (($TARGET == linux32) && (-e /usr/lib/libblas.a)) set BLAS3=true
-if (($TARGET == linux32) && (-e /usr/local/bin/libblas-asci.a)) set BLAS3=true
-if (($TARGET == linux32) && (-e /usr/local/lib/libatlas.a)) set BLAS3=true
+if ($TARGET == linux32) set BLAS3=true
# For next two, assume that a math library will exist when
# we arrive at the link step: MKL or Atlas or ACML....
if ($TARGET == linux64) set BLAS3=true
@@ -1112,7 +1110,7 @@
# The only thing you need to change is the next line.
# Note: you must make the analogous choice in compddi and lked, as well.
#
- set FORTRAN=g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
+ set FORTRAN=gentoo-g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
#
switch ($FORTRAN)
#
@@ -1131,7 +1129,7 @@
# Pentium II fractionally). None of these optimizations are used below.
#
case g77:
- set OPT = '-O2'
+ set gentoo-OPT = '-O2'
if ($MODULE == ormas1) set OPT='-O2 -fno-move-all-movables' # RH9, g77 3.3
if ($MODULE == zheev) set OPT='-O0' # defensive compiling
#
@@ -1167,7 +1165,7 @@
# -std=legacy suppresses warnings about use of f77 constructs.
#
case gfortran:
- set OPT='-O2'
+ set gentoo-OPT = '-O2'
if ($MODULE == zheev) set OPT='-O0' # defensive compiling
if ($MODULE == pcmcv2) set OPT='-O1' # EFP+CPCM, ala Francois, v4.1.2
if (($MODULE == qeigen) || ($MODULE == int2c)) then
@@ -1197,7 +1195,7 @@
# optimizations in 32 bit mode, as a function of the ifort version.
#
case ifort:
- set OPT = '-O3'
+ set gentoo-OPT = '-O2'
if ($MODULE == delocl) set OPT='-O0' # from Cheol
if ($MODULE == zheev) set OPT='-O0'
set echo
@@ -1344,12 +1342,12 @@
# Note: you must make the analogous choice in compddi and lked, as well.
# If you wish to use ifort in 64 bit mode, use only target=linux-ia64.
#
- set FORTRAN=gfortran # choose from gfortran, pgf77, pathf90
+ set FORTRAN=gentoo-g77 # choose from gfortran, pgf77, pathf90
#
switch ($FORTRAN)
case gfortran:
- set OPT='-O2'
+ set gentoo-OPT = '-O2'
if ($MODULE == zheev) set OPT='-O0' # defensive compiling
if (($MODULE == qeigen) || ($MODULE == int2c)) then
mv $MODULE.f $MODULE.junk
diff -Naur gamess/compall gamess.new/compall
--- gamess/compall 2008-04-11 14:47:57.000000000 -0400
+++ gamess.new/compall 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -13,8 +13,8 @@
# sgi32,sgi64,sun32,sun64
# 2. Choose your GAMESS directory tree.
#
-set TARGET=ibm64
-chdir /u1/mike/gamess
+set TARGET=gentoo-target
+#chdir /u1/mike/gamess
#
# ----- and now the script begins...
#
@@ -139,8 +139,8 @@
if ($TARGET == axp64) ./comp blas
if ($TARGET == ibm64) ./comp blas
if ($TARGET == ibm-bg) ./comp blas
-if ($TARGET == linux32) ./comp blas
-if ($TARGET == linux64) ./comp blas
+#if ($TARGET == linux32) ./comp blas
+#if ($TARGET == linux64) ./comp blas
if ($TARGET == linux-ia64) ./comp blas
if ($TARGET == sun32) ./comp blas
if ($TARGET == sun64) ./comp blas
@@ -428,7 +428,7 @@
#
# optional Nuclear-Electronic Orbital method, using NEO code
#
-set NEO=false
+set NEO=true
if ($NEO == true) then
./comp neo
./comp neobas
diff -Naur gamess/ddi/compddi gamess.new/ddi/compddi
--- gamess/ddi/compddi 2008-03-05 09:21:30.000000000 -0500
+++ gamess.new/ddi/compddi 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -15,7 +15,7 @@
# linux32,linux64,linux-ia64,mac32,mac64,macG5,necsx,
# sgi32,sgi64,sun32,sun64
#
- set TARGET = ibm64
+ set TARGET = gentoo-target
# 2. Choose DDI communication layer, the only legal values are
# sockets,mixed,mpi,shmem,lapi,armci
@@ -537,9 +537,9 @@
#
if($TARGET == linux32) then
- set FORTRAN=g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
+ set FORTRAN=gentoo-g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
- set CC = 'gcc'
+ set gentoo-CC = 'gcc'
set CFLAGS = "-DLINUX -O3 -fstrict-aliasing -I./include"
switch ($FORTRAN)
@@ -578,12 +578,12 @@
# for generic 64 bit Linux, choose one of the following,
# gfortran, pgf77, pathf90
- if ($TARGET == linux64) set FORTRAN=gfortran
+ if ($TARGET == linux64) set FORTRAN=gentoo-g77
#
# for linux-ia64, leave the choice set to ifort (do not change!)
if ($TARGET == linux-ia64) set FORTRAN=ifort
- set CC = 'gcc'
+ set gentoo-CC = 'gcc'
if ($TARGET == linux64) then
set CFLAGS = "-DLINUX -m64 -O3 -fstrict-aliasing -I./include"
diff -Naur gamess/ddi/tools/ddikick/ddikick.c gamess.new/ddi/tools/ddikick/ddikick.c
--- gamess/ddi/tools/ddikick/ddikick.c 2006-06-05 03:15:09.000000000 -0400
+++ gamess.new/ddi/tools/ddikick/ddikick.c 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -105,7 +105,7 @@
remoteshell = argv[++i];
} else {
if((remoteshell = getenv("DDI_RSH")) == NULL) {
- remoteshell = (char *) strdup("rsh");
+ remoteshell = (char *) strdup("ssh");
}
}
diff -Naur gamess/lked gamess.new/lked
--- gamess/lked 2008-04-11 14:47:43.000000000 -0400
+++ gamess.new/lked 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -15,8 +15,8 @@
# sgi32,sgi64,sun32,sun64
# 2. Choose your GAMESS directory tree.
#
-set TARGET=ibm64
-chdir /u1/mike/gamess
+set TARGET=linux32
+#chdir /u1/mike/gamess
#
# ---- and now the script begins...
#
@@ -299,22 +299,22 @@
#
if ($TARGET == linux32) then
#
- set FORTRAN=g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
+ set FORTRAN=gentoo-g77 # choose from g77, gfortran, ifort, pgf77, f2c
#
switch ($FORTRAN)
case g77:
set LDR='g77'
- set LDOPTS=' ' # add '-Wl,-M' to see load map
+ set gentoo-LDOPTS=' ' # add '-Wl,-M' to see load map
set LIBRARIES=' '
breaksw
case gfortran:
set LDR='gfortran'
- set LDOPTS=' '
+ set gentoo-LDOPTS=' '
set LIBRARIES=' '
breaksw
case ifort:
set LDR='ifort'
- set LDOPTS=' ' # add '-Wl,-M' to see load map
+ set gentoo-LDOPTS=' ' # add '-Wl,-M' to see load map
set LIBRARIES='-Vaxlib'
breaksw
case pgf77:
@@ -344,22 +344,22 @@
# Additional libraries not considered here are 32 bit versions
# of Atlas, MKL, or ACML, they are perfectly reasonable choices.
#
- set BLASLIBRARY=' '
- set BLAS='blas.o' # turn this off if a math library exists...
+ set BLASLIBRARY=`pkg-config --libs blas`
+ set BLAS=''
#
- if (-e /usr/lib/libblas.a) then
- set BLASLIBRARY="-lblas"
- set BLAS=' '
- endif
- if (-e /usr/local/bin/libblas-asci.a) then
- set BLASLIBRARY="/usr/local/bin/libblas-asci.a"
- set BLAS=' '
- endif
- if (-e /usr/local/lib/libatlas.a) then
- set BLASLIBRARY="/usr/local/lib/libf77blas.a"
- set BLASLIBRARY="$BLASLIBRARY /usr/local/lib/libatlas.a"
- set BLAS=' '
- endif
+# if (-e /usr/lib/libblas.a) then
+# set BLASLIBRARY="-lblas"
+# set BLAS=' '
+# endif
+# if (-e /usr/local/bin/libblas-asci.a) then
+# set BLASLIBRARY="/usr/local/bin/libblas-asci.a"
+# set BLAS=' '
+# endif
+# if (-e /usr/local/lib/libatlas.a) then
+# set BLASLIBRARY="/usr/local/lib/libf77blas.a"
+# set BLASLIBRARY="$BLASLIBRARY /usr/local/lib/libatlas.a"
+# set BLAS=' '
+# endif
#
if ($BLAS == 'blas.o') then
echo " "
diff -Naur gamess/runall gamess.new/runall
--- gamess/runall 2008-03-18 16:18:58.000000000 -0400
+++ gamess.new/runall 2008-05-08 09:12:01.000000000 -0400
@@ -10,7 +10,7 @@
# Edit this file to set the base path to GAMESS, and execute it to be
# sure all the jobs TERMINATED NORMALLY, and got correct numbers too.
#
-chdir /u1/mike/gamess
+#chdir /u1/mike/gamess
set VERNO=00
#
foreach NUM ( 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 \
diff -Naur gamess/rungms gamess.new/rungms
--- gamess/rungms 2008-03-13 19:56:18.000000000 -0400
+++ gamess.new/rungms 2008-05-08 09:14:03.000000000 -0400
@@ -54,7 +54,7 @@
# of using LoadLeveler via a "llgms" front end in ~/gamess/misc.
#
set TARGET=sockets
-set SCR=/scr/$USER
+set SCR=`pwd`
#
set JOB=$1 # name of the input file xxx.inp, give only the xxx part
set VERNO=$2 # revision number of the executable created by 'lked' step
@@ -119,15 +119,15 @@
#
set echo
# ASCII input files (see explanation above)
-setenv ERICFMT ~mike/gamess/ericfmt.dat
-setenv MCPPATH ~mike/gamess/mcpdata
+setenv ERICFMT /usr/share/gamess/ericfmt/ericfmt.dat
+setenv MCPPATH /usr/share/gamess/mcpdata
setenv EXTBAS /dev/null
setenv NUCBAS /dev/null
#
-setenv MAKEFP ~$USER/scr/$JOB.efp
-setenv IRCDATA ~$USER/scr/$JOB.irc
+setenv MAKEFP $SCR/$JOB.efp
+setenv IRCDATA $SCR/$JOB.irc
setenv INPUT $SCR/$JOB.F05
-setenv PUNCH ~$USER/scr/$JOB.dat
+setenv PUNCH $SCR/$JOB.dat
setenv AOINTS $SCR/$JOB.F08
setenv MOINTS $SCR/$JOB.F09
setenv DICTNRY $SCR/$JOB.F10
@@ -157,8 +157,8 @@
setenv SOINTY $SCR/$JOB.F32
setenv SOINTZ $SCR/$JOB.F33
setenv SORESC $SCR/$JOB.F34
-setenv SIMEN ~$USER/scr/$JOB.simen
-setenv SIMCOR ~$USER/scr/$JOB.simcor
+setenv SIMEN $SCR/$JOB.simen
+setenv SIMCOR $SCR/$JOB.simcor
setenv GCILIST $SCR/$JOB.F37
setenv HESSIAN $SCR/$JOB.F38
setenv SOCCDAT $SCR/$JOB.F40
@@ -303,7 +303,7 @@
if (null$4 == null) set ELGNAME=ELGFILE
set echo
setenv AOINTS $SCR/$ELGNAME.F08
- setenv ELGDOS ~$USER/scr/$JOB.ldos
+ setenv ELGDOS $SCR/$JOB.ldos
setenv ELGDAT $SCR/$ELGNAME.F71
setenv ELGPAR $SCR/$ELGNAME.F72
setenv ELGCUT $SCR/$ELGNAME.F74
@@ -406,7 +406,7 @@
if ($os == AIX) set GMSPATH=/u1/mike/gamess
if ($os == Darwin) set GMSPATH=/Users/mike/desktop/gamess
if ($os == HP-UX) set GMSPATH=/zr/mike/gamess
- if ($os == Linux) set GMSPATH=/cu/mike/gamess
+ if ($os == Linux) set GMSPATH=/usr/bin
if ($os == OSF1) set GMSPATH=/in/mike/gamess
if ($os == SunOS) set GMSPATH=/hf/mike/gamess
# special compilation for Sun E450 uSPARC (uname also= SunOS)
diff -Naur gamess/.rungms.rej.swo gamess.new/.rungms.rej.swo
--- gamess/.rungms.rej.swo 1969-12-31 19:00:00.000000000 -0500
+++ gamess.new/.rungms.rej.swo 2008-05-08 09:13:01.000000000 -0400
@@ -0,0 +1 @@
+b0VIM 7.1\0\0\0\0\x10\0\0!ü"H§%â\aCR\0\0markus\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0despina\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0/tmp/gamess/gamess/rungms.rej\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0
\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0
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@@ -331,6 +331,7 @@
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int memget_(nwords) int *nwords;
{ int nbytes;
nbytes = (*nwords+2)*8;
@@ -412,6 +413,7 @@
#include <stdlib.h>
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--
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2008-05-08 17:42 [gentoo-commits] gentoo-x86 commit in sci-chemistry/gamess/files: gamess-20080411.1.gentoo.patch gamess-20060907.4.gentoo.patch gamess-20070324.1.gentoo.patch Markus Dittrich (markusle)
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